Baigė darbą Ministro Pirmininko pernai lapkričio 24 d. sudaryta tarpinstitucinė darbo grupė, kuri buvo įpareigota pateikti išvadas dėl Konstitucinio Teismo (KT) išaiškinimų, susijusių su aukštųjų mokyklų autonomija ir valdymo reguliavimu. Pateiktoje išvadoje teigiama, kad Mokslo ir studijų įstatyme įtvirtintas aukštųjų mokyklų valdymo modelis, vadovaujantis KT išaiškinimu, nepažeidžia konstitucinės aukštųjų mokyklų autonomijos ir keisti galiojantį įstatymą pagrindo nėra.
Kaip 2009 m. spalio 28 d. išaiškino Konstitucinis Teismas, įstatymas gali nustatyti aukštųjų mokyklų organizacinės ir valdymo struktūros pagrindus nepaneigdamas aukštųjų mokyklų autonomijos principo. Darbo grupė taip pat atkreipia dėmesį į tai, kad įstatyme numatyti tik specialaus teisinio reguliavimo pagrindai, kuriais remiantis konkrečius reguliavimo aspektus nusistato pačios aukštosios mokyklos.
Mokslo ir studijų įstatyme įtvirtinti aukštosios mokyklos valdymo principai užtikrina, kad akademinė bendruomenė turi esminę galią priimant sprendimus. Aukštosios mokyklos taip pat gali siūlyti kandidatus į „išorinius” tarybos narius. Tokia nuostata gali būti numatyta konkrečios aukštosios mokyklos statute.
Vykdant Mokslo ir studijų įstatymą, į aukštųjų mokyklų valdymą įtraukiami visuomenės atstovai. Pusę tarybos narių skiria akademinė bendruomenė, pusę – Aukštojo mokslo tarybos teikimu švietimo ir mokslo ministras iš visuomenės pasiūlytų kandidatų, dar vieno nario kandidatūra priimama bendru ministro ir aukštosios mokyklos senato sutarimu. Universitetų ir kolegijų tarybos numato strateginius aukštųjų mokyklų tikslus, tvirtina aukštųjų mokyklų misijas, renka rektorius. Darbo grupė konstatuoja, kad tarybos sudarymo, atskaitingumo ir sprendimų priėmimo principai užtikrina, kad šios institucijos veikloje akademinė bendruomenė turi esminę galią sprendimų priėmimui.
Tarpinstitucinei darbo grupei vadovavo teisingumo viceministras Tomas Vaitkevičius, joje dirbo – Seimo Teisės ir teisėtvarkos komiteto pirmininkas Stasys Šedbaras, Vilniaus universiteto akademinių reikalų prorektorius Juozas Galginaitis, Mykolo Romerio universiteto profesorius Gediminas Mesonis, Seimo Švietimo, mokslo ir kultūros komiteto biuro patarėja Rūta Norkienė, Teisės instituto direktorius Petras Ragauskas, švietimo ir mokslo ministro patarėjas Gytautas Damijonaitis, Švietimo ir mokslo ministerijos Teisės skyriaus vedėjas Tomas Daukantas, švietimo ir mokslo ministro visuomeninis konsultantas Paulius Subačius.
Švietimo ir mokslo ministerija, atsižvelgdama į viešai išsakomus nuogąstavimus dėl Mokslo ir studijų įstatymo atitikimo Lietuvos Respublikos Konstitucijai, pasitelkusi konstitucinės teisės specialistus, taip pat parengė ir Seimo nariams pateikė poziciją dėl dažniausiai užduodamų klausimų, susijusių su Mokslo ir studijų įstatymo konstitucingumu.